Tại Trường Đại học Yersin Đà Lạt, ngành Công nghệ sinh học được chia làm 2 chuyên ngành:
- Công nghệ sinh học Thực vật: : Là ngành khoa học ứng dụng trong lĩnh vực nông nghiệp bằng các kỹ thuật điều khiển quá trình sinh trưởng và phát triển, sinh sản của thực vật theo mục đích sử dụng của con người như: thuần hóa cây trồng và cải tiến…
- Công nghệ sinh học Vi sinh: Là ngành khoa học sử dụng các phương pháp nghiên cứu, nuôi cấy, phân tách… đối với vi sinh vật như vi khuẩn, nấm, virus, nguyên sinh vật và các loại vi sinh khác. Từ đó, ứng dụng và sản xuất vi khuẩn, nấm, virus và các sản phẩm liên quan đến chuyển hóa vi sinh vật. Các sản phẩm từ công nghệ sinh học vi sinh rất gần gũi với đời sống như: Muối dưa, ủ men rượu, sữa chua, probiotics, bia, ủ rơm rác, sử dụng các vi sinh vật để phân hủy hoặc các sản phẩm thuốc, vaccine phòng chữa bệnh.
Sinh viên được đào tạo lý thuyết kết hợp với thực hành, nghiên cứu, phân tích và xử lý trong phòng thí nghiệm, ngoài thực địa và trong thực tiễn sản xuất tại các Cơ quan, Viện, Sở, Trung tâm, Công ty thuộc các lĩnh vực chuyên môn ngay trong từng học phần.
Sinh viên được lựa chọn chuyên ngành đào tạo chuyên sâu (CNSH Thực vật và CNSH Vi sinh) ngay từ năm học thứ hai nhằm tạo điều kiện đi sâu vào kiến thức chuyên ngành từ sớm, gia tăng thời lượng thực hành chuyên môn giúp định hướng nghề nghiệp, hướng nghiên cứu hiệu quả.